En la entrada del castillo, Filch le hace problemas a Draco por traer el bastón donde su padre, Lucius Malfoy, guardaba su varita, pero Snape responde por él. Harry llega al postre del banquete, para escuchar un discurso de Dumbledore acerca de las medidas de seguridad impuestas debido a Voldemort, aparte del nombramiento de Slughorn como nuevo profesor de pociones y a Snape como el nuevo profesor de Defensa Contra Las Artes Oscuras.
Al día siguiente, Harry y Ron tienen tiempo libre, pero son interrumpidos por Minerva McGonagall, quien recomienda a Harry que curse Pociones, pues su nota del examen le da posibilidad seguir estudiándola. Ron también va a la clase. Al llegar, el profesor Slughorn les dice que cojan dos libros del armario, y Harry encuentra uno marcado con, "Este libro es propiedad del príncipe mestizo". Con las anotaciones del libro, Harry es el mejor de la clase y se gana una botellita de Felix Felicis, suerte líquida. Ron comienza las audiciones para jugar en el equipo de Quidditch. Harry guía a todos los participantes y Ron puede obtener el lugar, dado que Hermione utiliza un hechizo para confundir a otro jugador. Cuando Harry es cuestionado más adelante por Hermione acerca del libro, él se niega a dar explicaciones, pero Ginny toma el libro y nota la escritura. Harry toma su libro y se va.
En una reunión con Dumbledore, éste le muestra un recuerdo propio - la primera vez que estuvo con Tom Ryddle. En el recuerdo, un Dumbledore más joven visita un orfanato, donde le introducen a Tom. Dumbledore habla con Tom y le explica acerca de Hogwarts. Al probar que es un mago, prende fuego a un armario, donde Dumbledore nota que hay ciertos elementos que no le pertenecen a Tom, y le dice que en Hogwarts no toleran los robos. Antes de irse, Tom dice que puede hablar con las serpientes.
Cuando el trío visita Hogsmeade, ven cómo Katie Bell es maldecida por un collar, siendo casi asesinada. Ya en el castillo, Harry les dice a Snape y McGonagall que esta seguro de que fue Malfoy quien hechizó a Katie para que le diera el collar a Dumbledore (quien debería haberlo recibido, según una amiga de Katie) pero Snape se burla de él. Mientras tanto, Harry encuentra un hechizo en el libro del Príncipe Mestizo - Sectumsempra. Así mismo, varias visitas son mostradas por Draco Malfoy a la sala de Menesteres, revisando una vieja cabina, poniendo objetos dentro de ella y viendo cómo desaparecen y aparecen, a veces no correctamente. En una cena que da Slughorn, Hermione le hace ver a Harry que Ginny tiene los ojos llorosos por haber discutido con su novio Dean, para, disimuladamente, darle a entender que no es feliz con este. El día del partido de Quidditch, Ron se encuentra muy nervioso. Sin embargo, Harry finge poner Felix Felicis en su jugó para darle confianza a Ron. El partido es ganado por Gryffindor. En la celebración Harry le revela a Hermione que no le puso el líquido a Ron. En ese momento, Lavender Brown besa a Ron. Hermione se va llorando, Harry la sigue y ella le revela que sabe que tiene sentimientos hacia Ginny. Ron aparece pero es atacado por pequeños pájaros encantados de Hermione. Llorando, ella le pregunta cómo se siente cuando ve que Dean Thomas besa a Ginny. Harry le responde que se siente de la forma en que Hermione se siente. Harry dice esto porque no puede hacer nada por estar con Ginny para no tener problemas con Ron. En la fiesta de Navidad de Slughorn, Draco merodeaba cerca de la sala de menesteres y es descubierto por Argus Filch el conserje y Draco, ingeniosamente le dice que el iba para la fiesta de Slughorn, entonces Filch lo lleva a la fiesta y allí Draco al verse atrapado revela que el no fue invitado a la fiesta, pero miente diciendo que lo que quería era colarse en ella. Snape lo lleva fuera de la fiesta. Al escoltarlo afuera, Harry escucha una conversación entre Draco y Snape, y este último le dice que le deje ayudarlo con su tarea. Menciona que hizo el Juramento Inquebrantable.
Yendo a la Madriguera por Navidad, Harry le menciona esto a Ron. En la madriguera, la relación entre Harry y Ginny comienza a avanzar. Más adelante, el padre de Ron le menciona a Harry que hizo seguir a Draco y que descubrió que frecuentaba Borgin y Burkes, donde hay una cabina que te transporta a otros sitios. Harry y Ginny casi se besan, pero la casa es atacada y quemada por mortífagos. Harry persigue a Bellatrix Lestrange, y escapa en el último minuto, dejando la casa en llamas
De vuelta en Hogwarts, Dumbledore le enseña a Harry un nuevo recuerdo, del profesor Slughorn. Sin embargo, el recuerdo fue editado y no muestra correctamente algo que Tom Ryddle le había preguntado al profesor. Dumbledore le pide a Harry conseguir el recuerdo real. Al ir a hablar con el profesor de esto, éste se da cuenta de lo que intenta y deja de hablarle a Harry.
Ron come chocolates con poción de amor que eran para Harry, enviados por Romilda Vane. Harry lo lleva donde Slughorn, quien lo cura. Al celebrar con una bebida, Ron la toma antes que nadie y es envenenado - pero salvado al último por Harry. Dumbledore dice que la bebida había sido envenenada, pero había sido regalada a Slughorn. Cuando Lavender visita a Ron, es enfrentada por Hermione. Ron, entre sueños, menciona "Hermione". Lavender se va ofendida.
Un día, Katie Bell aparece en el Gran Comedor y Harry le pregunta quién le entregó el collar. Ella no lo recuerda, pero Harry ve cómo Draco Malfoy se asusta al verlos hablar. Harry lo sigue hasta el baño, donde lo encuentra llorando. Comienza una pelea, y al final Harry utiliza Sectumsempra. Draco se desangra completamente, y pronto llega Snape, quien lo cura. Harry se va asustado por el hechizo y Ginny le dice que debe deshacerse del libro. Van a la Sala de los Menesteres, donde Ginny lo esconde donde Harry no vea. En el proceso, Ginny besa a Harry, y dice que éso también puede quedarse en la sala.
Ron le pregunta a Harry si ha tenido suerte con el recuerdo de Slughorn. Eso le da la idea a Harry de usar el Felix Felicis para sacarle el recuerdo. Al tomarlo, se dirige donde Hagrid, donde se topa con Slughorn quien lo acompaña. Al llegar donde Hagrid ven que Aragog ha muerto. En el funeral, Hagrid y Slughorn comienzan a beber, y este último es pronto convencido por Harry que le entregue el recuerdo. Antes de dárselo, el profesor le dice que no piense mal de él al verlo.El recuerdo real muestra a Tom Ryddle preguntando acerca de Horrocruxes, y el profesor le responde que si uno crea un Horrocrux, un objeto que contiene parte de tu alma, uno no puede morir. Le explica uno puede lograrlo solo cuando mate a alguien. Tom está curioso al saber si puede dividir su alma en siete partes. Slughorn se pone nervioso por eso, y pronto termina la conversación.
Dumbledore menciona a Harry que sus peores miedos son ciertos - Voldemort ha dividido su alma, y creó varios Horrocruxes, entre esos un anillo de la madre de Voldemort y el diario que Harry descubrió en Harry Potter y la cámara secreta Dumbledore le dice que el anillo fue el que le oscureció la mano, y ha estado buscando más Horrocruxes. Promete llevar a Harry en su búsqueda.
Otro día, Harry llega a la torre de Astronomía para encontrar a Dumbledore y a Snape discutiendo acerca de una tarea. Snape se va y Harry y Dumbledore se transportan a una cueva en un mar violento - donde hay un Horrocrux. Harry y Dumbledore se meten a la cueva para llegar a una vasija. Dumbledore le ordena a Harry que pase lo que pase le obligue a seguir bebiendo el liquido que hay en la vasija. Comienza a tomar el líquido, pero pronto empieza a tener alucinaciones y a sufrir intensamente . Harry, odiándose a sí mismo, lo ayuda a seguir tomando, hasta que no queda nada. Dumbledore le pide agua para recuperarse, pero Harry descubre que la única manera de consguirla es cogiéndola del lago que hay en el interior de la cueva, pero al tocar la superficie es atacado por centenares de Inferis (cadáveres devueltos a la vida), en ese momento Dumbledore saca sus últimas fuerzas y salva a Harry usando un enorme anillo de fuego. Finalmente logran llevarse el Horrocrux, un guardapelo.
En Hogwarts, Draco va a la Sala de los Menesteres para dar paso a los mortífagos que entran a través del armario evanescente. Cuando Harry y Dumbledore regresan a la Torre, éste le menciona que busque a Severus Snape. Sin embargo, pronto mortífagos entre ellos Bellatrix Lestrange llegan y Dumbledore le ordena a Harry esconderse. Éste puede ver cómo Draco se acerca a Dumbledore, y le enseña la Marca Tenebrosa en su brazo. Draco menciona que su tarea ha sido matarlo, y que el collar y la bebida fueron enviadas para llegar a él al final. Los otros mortífagos llegan para ver cómo Draco realiza su tarea.
Mientras Harry escucha, Snape lo sorprende, pero le dice que guarde silencio. Harry observa cómo Snape sube a ver a los otros mortífagos, pero para sorpresa de Harry, en vez de salvar a Dumbledore, lo mata. Los mortífagos huyen por el castillo, creando desorden en todos lados. Harry persigue a Snape y utiliza el hechizo Sectumsempra, pero Snape lo bloquea y le dice que no puede utilizar en su contra un hechizo que él inventó, confesando que él era el Príncipe Mestizo. Snape y los demás huyen luego de prenderle fuego a la casa de Hagrid.
En el colegio, los alumnos se reúnen alrededor del cuerpo de Dumbledore. Prenden sus varitas y desvanecen la Marca Tenebrosa del cielo. Harry llora en el hombro de Ginny.
Al día siguiente, Harry le muestra a Hermione que el Horrocrux encontrado era falso, y que a partir de una nota encontrada, un tal "R.A.B." se llevó el original. Hermione le dice que a Ron no le importa que Harry salga con Ginny, pero Harry le informa de que no planea volver a Hogwarts, sino buscar los Horrocruxes restantes el solo. Hermione le dice que no sea ingenuo, ya que sabe que no podrá hacerlo sin sus amigos, así que le asegura que irán con él a donde sea. Juntos, ven cómo Fawkes vuela a través de los cielos, sabiendo la casi imposible misión que les espera.
