En un caluroso día de verano, Harry Potter y su primo Dudley Dursley son atacados en un callejón por dos dementores. El mago utiliza el encantamiento Patronus y salva a su primo pero recibe una carta con un apercibimiento por parte del Ministerio de Magia por realizar un conjuro frente a un muggle. La carta confirma que ha sido expulsado del colegio Hogwarts.Al anochecer, Alastor Moody y otros aurores rescatan a Harry de su casa y lo conducen mediante un vuelo con escobas- hasta una casa en Londres que resulta ser el hogar de Sirius Black, padrino del muchacho. En la casa están viviendo Ron Weasley y Hermione Granger junto con los magos que conforman la Orden del Fénix, un grupo dedicado a luchar contra Voldemort y sus huestes. En la cena, Sirius cuenta que el Ministerio de Magia se rehúsa a reconocer que el Innombrable está al acecho, como ocurrió al final de la película anterior. La inquina del ministro contra todos los que sostienen eso -Harry y Dumbledore incluidos- se ve muy claramente durante la audiencia disciplinaria a la que el muchacho es sometido para que le revoquen su expulsión del colegio.
En el tren de Hogwarts, Harry tiene un sueño en el que ve a Voldemort en Kings Cross. Ya en la escuela conocen a Luna Lovegood, una alumna de excéntrica apariencia y reciben la noticia de que Dolores Umbridge, quien trabaja para Fudge, ahora es profesora de Defensa Contra las Artes Oscuras. Umbridge prohíbe la utilización de varitas en su clase y le da a la materia un enfoque totalmente teórico, así es como impone un violento castigo a quienes hablan sobre el retorno de Voldemort. La mujer, en su afán de controlar las “mentiras” que circulan en el instituto logra el cargo de Suma Inquisidora de Hogwarts, prohibiendo las opiniones contrarias al ministerio y despidiendo a la profesora Sybill Trelawney. Ante el oscuro panorama, Hermione y Ron convencen a Harry para que les enseñe a defenderse ya que él ha estado en verdaderas situaciones de peligro. Junto con otros alumnos Cho Chang incluida- forman el Ejército de Dumbledore. Tras una de las sesiones de entrenamiento, Harry y Cho conversan y terminan besándose.
Cerca de Navidad Harry tiene un nuevo sueño en el cual la serpiente de Voldemort, Nagini, ataca a Arthur Weasley, el padre de Ron, que trabaja en el Ministerio. Albus Dumbledore se da cuenta de que hay una conexión entre la mente de Harry y la de su enemigo y pone al chico bajo la tutela de Severus Snape para que reciba clases de oclumancia que le ayuden impedir la influencia del Señor Tenebroso sobre sus pensamientos.
Tras una fuga masiva de Azkaban, Umbridge descubre las reuniones del Ejército de Dumbledore luego de torturar a Cho para que hable. La Suma Inquisidora logra desplazar finalmente a Dumbledore y asume el cargo de directora. Pero el día en que se realizan los exámenes TIMO, los gemelos Weasley inician una revuelta contra la directora y escapan del colegio. Harry recibe una visión en la cual Sirius es torturado por Lord Voldemort en el Departamento de Misterios. Tras su resistencia inicial a ser acompañado se pone en camino hacia Londres junto a algunos miembros del Ejército en misión de rescate.
En el Ministerio de Magia son atrapados en la Sala de las Profecías por los mortífagos, entre los cuales está la peligrosa Bellatrix Lestrange. La Orden del Fénix aparece y da batalla a los esbirros de Voldemort pero Bellatrix asesina a Sirius en el último momento con el maleficio Avada Kedavra. Harry la persigue para matarla pero es interrumpido por la aparición de Voldemort y Dumbledore, quienes se engarzan en un feroz combate que destruye el atrio del Ministerio.
Voldemort, consciente de su poder sobre el joven mago desaparece y efectúa un ataque psicológico para dominar a Harry. Tras una lucha encarnizada, el muchacho logra expulsar al brujo tenebroso que huye agotado. Al final, Dumbledore le explica la conexión entre la profecía guardada en el Ministerio y el asesinato de sus padres 16 años atrás: en aquel entonces, un sirviente del Señor Tenebroso oyó sólo la parte inicial de la predicción, la cual anunciaba el nacimiento de un niño capaz de destruir al poderoso brujo, por ese motivo Voldemort atacó a la familia Potter asesinando al matrimonio. Pero al intentar matar al bebé el sacrificio de Lily Potter impidió el homicidio del niño y redujo a Voldemort a ser poco más que un espectro.
